神龍元年（705年）正月二十五日，唐中宗李顯即位，因為相王李旦有誅殺張易之兄弟之功，加相王李旦封號為安國相王，任命他為太尉，同鳳閣鸞台三品。又為他加實封。
中宗在表面上對李旦十分優待，但實際上卻對他嚴加防范。
史書記載：
中宗在「相王、衛王重俊，成王千里宅，遣衛士宿衛，環其所居，十步置一仗舍，持兵巡檄，同于宮禁。」
此時，李旦的頭腦也很清醒，他明白兄長李顯所作的一切，不單是出于兄弟之間的情份，也不是因為他的扶位之功，從他的地位來講，應該是兄長皇權的最直接的威脅，因此他不能大意和疏忽，他必須馬上向兄長表明他的意愿和態度。
二月二十一日，李旦上表堅決要求辭去太尉及宰相職務，中宗很痛快地答應了他的請求，卻又提出想立他為皇太弟，以便成為中宗百年之后的皇位繼承人。
李旦此刻不管中宗是否有誠意，馬上一口回絕，任何的任命對于他來說都是可怕的枷鎖，他現在最大的愿望是做一個逍遙自在的相王。
中宗的統治十分昏暗。
韋皇后、武三思、上官婉兒結合在一起，他們或利用姻親關系，或進行政治拉攏，培植了一批私人勢力，組成了以武三思為首的政治集團。他們排除異己，結黨營私，其最終目標是要奪取皇帝寶位。
因此太子李重俊便首先成為他們攻擊的目標。
太子李重俊被殺，作為李唐嫡嗣的，除中宗外，就是其弟相王李旦，因此李旦父子緊隨重俊之后成為韋武集團的主要打擊對象。
李重俊兵敗后，右台大夫蘇珦負責審問太子重俊的黨羽，罪犯中有人供認相王參與了兵變，蘇珦為此秘密地為相王申辯，中宗才沒有追究此事，相王與太平公主是否真的參與了此事，現在很難弄得清楚，但從這倆人當時的立場來看，他們對于韋后與武三思的專權是極為不滿的，因此太子重俊發動針對韋武集團的兵變，他們是支持的。
安樂公主和兵部尚書宗楚客得知這一消息，如同抓住一根救命稻草，以此多次要挾中宗，治罪相王與太平公主，還指使侍御史冉祖雍上疏說相王、太平公主二人「與重俊通謀」，請收留獄中審查。
中宗此時也改變了態度，命吏部侍郎兼御史中丞蕭至忠來審理此案。
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